传统的科研管理模式是科研处为科研管理部门，而研究的基本单位为科研课题组，科研课题组每年通过科研管理部门申报科研项目，经有关部门批准后正式立项启动。科研管理部门对科研项目实行宏观管理，具体实施由科研课题组负责完成；项目完成后，由项目负责人经所在单位向有关部门提出结题或验收申请报告。由于水产科研项目来源途径不同，使得各类科研项目的管理要求也大不相同，每项项目的管理节点和总结汇报要求均存在很大的差别，造成不同科技项目管理的落差，往往出现科研项目执行“一边倒”的现象，“重成果，轻过程”、“重两头（项目、成果的申报），轻中间（科研项目开展）”，科研管理的可执行度较差。

基于ISO9000的水产科研管理体系控制的重点在于科研项目的全过程中各个阶段的质量控制，首先是业务部门和科研课题组的质量控制，其次是科研管理部门的过程质量控制。业务部门和科研课题组在项目实施的全过程中严格执行管理体系的各项规定，按照《科研与成果转化管理程序》、《科研设计开发控制程序》、《过程的测量和监控程序》等相关程序文件和作业文件的要求，对每一个环节做好质量控制。科研管理部门对项目的质量控制重点在于，根据项目的来源、性质和顾客的要求监督项目实施的各过程环节是否满足顾客的要求，是否遵循管理体系的要求，是否控制有效，是否达到了预期目的，使得整个管理体系向规范化发展，便于各级和各层次的有序、规范运作。其目的就是在项目连续过程中对项目的各方面进行策划、组织、监测和控制，并把项目管理知识、技能、工具和技术应用于项目管理活动中，最终保证科研项目圆满完成，使科研项目出成果、出人才、出效益；保证了科研项目各过程输入和输出的合理对应，从而保证科研项目能满足各类顾客的要求，提高管理的可执行度，确保科研项目圆满完成。